Recentemente tive alguns problemas para enviar um projeto em java para o Github e entregar aqui na plataforma. Por isso resolvi compartilhar a solução, uma vez que me incomodou bastante.

Ao executar o comando no Git Bash: "git add ." ele sempre devolvia o seguinte erro:

$ git add .

error: '<filename>' does not have a commit checked out

fatal: adding files failed

Esse erro acontecia mesmo com a pasta já existindo como repositório.

Solução

Acesse a pasta que está dando erro e verifique se há uma pasta ".git" e a apague. Caso não ache, vá até a aba "Exibir" no topo da pasta e marque a opção "Itens ocultos".

Quando configurar para aparecer os itens ocultos aparecerá a pasta '.git' conforme imagem abaixo. Basta excluí-la e efetuar o comando novamente no Git Bash que dará certo.

Qualquer dúvida fiquem à vontade para perguntar nos comentários.

Valeu!